Hola, he tenido kayaks con poros de ese tipo a los que no les entraba ni una gota de agua. Consejo, si es sólo estético dejalo así, por el contrario si no querés dejarlo así o te entra agua, no apliques calor porque vas a  hacer macana, aplica algún sellador con espátula plástica flexible, cuidando de eliminar el excedente. 
Leyendo este y el otro post en que contás que el asiento no calza como debería, me inclino a que te vendieron un kayak de segunda selección, Los problemas que tuviste son dos detalles importantes que es dificil se le escapen a una persona que está en control de calidad, deberías encarar el reclamo al comercio que te lo vendió en primera instancia y de ahí ver como sigue la cosa. 
Saludos,
Gustavo1973